Κατηφορίζοντας στην οδό Νικηφόρου Θεοτόκη στο κέντρο της πόλης της Κέρκυρας, στον αριθμό 96, μια βαριά περίτεχνη σιδερένια καγκελόπορτα και μια πέτρινη σκάλα, οδηγούν στην αποκάλυψη ενός άγνωστου σε πολλούς, αλλοτινού θρησκευτικού κέντρου των Καθολικών στο νησί, που σήμερα φιλοξενεί το Ε΄ Δημοτικό Σχολείο. Είναι ένας «ζωντανός» μάρτυρας ενός τόπου που αποτέλεσε σταυροδρόμι λαών και πολιτισμών.
Σημείο αναφοράς από τον 14ο αιώνα, ο Ναός και η πρώην Ιερά Μονή του Αγίου Φραγκίσκου της Ασίζης, ένα από τα παλαιότερα μοναστήρια του νησιού, στέκει δίπλα από τον ιστορικό Ναό του Αγίου Αντωνίου των Ορθοδόξων. Αν και λεηλατήθηκε και βομβαρδίστηκε, υπάρχει για να διηγείται την ιστορία του και να προσφέρει στην κοινωνία της Κέρκυρας.
Ο ιστορικός ερευνητής και Γραμματέας της Καθολικής Αρχιεπισκοπής, αναφέρει πως ο χρόνος ίδρυσης του Ναού παραμένει άγνωστος και λόγω έλλειψης γραπτών μαρτυριών, οι πληροφορίες είναι συγκεχυμένες. Η παράδοση φέρει, ως ιδρυτή του Ναού, τον Άγιο Φραγκίσκο της Ασίζης, ωστόσο όπως επισημαίνεται, αυτή η πληροφορία, αποτελεί μία συνηθισμένη πρακτική για να προσδοθεί μεγαλύτερη ιστορική βαρύτητα στους ιερούς αυτούς χώρους, κάτι που μέχρι σήμερα δεν έχει επιβεβαιωθεί.
Σύμφωνα με τις πηγές, στο χώρο της Μονής προϋπήρχε Ναός αφιερωμένος στον Αρχάγγελο Μιχαήλ, με ορθόδοξες μοναχές στα μέσα του 13ου αιώνα. Το 1367, ο Ναός παραχωρείται ανακαινισμένος από τον πρίγκιπα Φίλιππο το Β’ στο Τάγμα των Κοινοβιακών μοναχών του Αγίου Φραγκίσκου. Το Τάγμα αυτό ιδρύθηκε το 1209 και σύντομα οι μοναχοί θα το μετατρέψουν σε αξιόλογο θρησκευτικό κέντρο.
Στην συνέχεια, η κερκυραϊκή κοινότητα με απόφαση του Συμβουλίου της, θα προσφέρει μέσα στο Ναό, στο Βενετό Ναύαρχο Giovanni Miani τα κλειδιά της πόλης, ως ένδειξη αφοσίωσης προς την Γαληνοτάτη Δημοκρατία του Αγίου Μάρκου. Ο Ναός ανακαινίστηκε και καθαγιάστηκε το 1621 από τον Λατίνο Αρχιεπίσκοπο Benedetto Bragadino, και μέχρι τα τέλη της Ενετοκρατίας, πρωταγωνιστούσαν σε όλες τις θρησκευτικές και κοινωνικές εκδηλώσεις της περιοχής.
Η έλευση των γαλλικών στρατευμάτων στην Κέρκυρα θα σημάνει την λήξη της παρουσίας των Φραγκισκανών Κοινοβιακών στο νησί, καθώς η Μονή τους θα δημευθεί από τα στρατεύματα του Ναπολέοντα Βοναπάρτη.
Μέσα στον Ναό, φυλάσσονται αξιόλογα έργα εκκλησιαστικής τέχνης και αντικείμενα που προέρχονται από τις Καθολικές Εκκλησίες που βομβαρδίστηκαν κατά τη διάρκεια του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου. Να σημειωθεί πως το Βήμα της Αγίας Βαρβάρας, κοσμείται από ένα από τα σημαντικότερα ζωγραφικά μνημεία του βενετού Francesco Fontebasso.
Ο Ναός τιμάται την 4η Οκτωβρίου, ημέρα μνήμης του Αγίου Φραγκίσκου, προστάτη της Φύσης και των Ζώων, όπως ορίστηκε από την Καθολική Εκκλησία, και γιορτάζεται η Παγκόσμια Ημέρα των Ζώων.
