Η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας έκρινε ομόφωνα ότι η λειτουργία του Μητρώου Ελληνικών και Ξένων ΜΚΟ είναι συνταγματική, σύμφωνα με ανακοίνωση του προέδρου του ΣτΕ Μιχάλη Πικραμένου. Την ίδια στιγμή, έκρινε κατά πλειοψηφία ότι η ρύθμιση για το Μητρώο Μελών Μ.Κ.Ο. αντίκειται στο Σύνταγμα.
Η Ολομέλεια έκρινε ότι η ρύθμιση των ζητημάτων που αφορούν τη λειτουργία του Μητρώου Ελληνικών και Ξένων Μ.Κ.Ο. στην παράγραφο 3 του άρθρου 78 του ν. 4939/2022 είναι σύμφωνη με το άρθρο 43 παρ. 2 του Συντάγματος, που προβλέπει την έκδοση κανονιστικών Προεδρικών Διαταγμάτων. Αντίθετα, έκρινε κατά πλειοψηφία ότι η ρύθμιση της παραγράφου 5 του άρθρου 78 του ν. 4939/2022 για τη λειτουργία του Μητρώου Μελών Μ.Κ.Ο. αντίκειται στο άρθρο 43 παρ. 2 εδ. β΄.
η βασική ουσιαστική ρύθμιση σχετικά με τις προϋποθέσεις εγγραφής και πιστοποίησης των ενδιαφερομένων προσώπων στο Μητρώο Μελών Μ.Κ.Ο. δεν περιέχεται στον νόμο, με αποτέλεσμα να παρέχεται εξουσιοδότηση για έκδοση απόφασης του υπουργού Μετανάστευσης και Ασύλου για τα συγκεκριμένα ζητήματα. Για τον λόγο αυτό κρίθηκε ότι η ρύθμιση αυτή δεν είναι σύμφωνη με το Σύνταγμα.
Επιπλέον, η Ολομέλεια του ΣτΕ έκρινε ότι αντίκεινται στο δικαίωμα του συνεταιρίζεσθαι και έχουν τεθεί εκτός εξουσιοδότησης οι διατάξεις του άρθρου 3 παρ. 4 εδ. τελευταίο της υπουργικής απόφασης 82876/8.5.2026. Σύμφωνα με αυτές, ο Γενικός Γραμματέας Υποδοχής Αιτούντων ‘Ασυλο διατηρεί το δικαίωμα, αφού συνεκτιμήσει στοιχεία για τη δράση των φορέων που ζητούν εγγραφή και κατά τη διακριτική του ευχέρεια, να απορρίψει ή να κάνει δεκτή την αίτηση εγγραφής στο Μητρώο.
Η ίδια νομοθετική ρύθμιση κρίθηκε, με μειοψηφία, ότι αντίκειται επίσης στις αρχές της ασφάλειας δικαίου και της προβλεψιμότητας.
Η Ολομέλεια αποφάσισε ακόμη να απευθύνει προδικαστικό ερώτημα στο Δικαστήριο της Ευρωπαϊκής Ένωσης για το αν είναι σύμφωνες με το άρθρο 12 του Χάρτη Θεμελιωδών Δικαιωμάτων της Ευρωπαϊκής Ένωσης οι σχετικές νομοθετικές ρυθμίσεις που θέτουν ως προϋπόθεση για την εγγραφή οργανώσεως στο Μητρώο μελών Μ.Κ.Ο. τη μη άσκηση ποινικής δίωξης σε βάρος των φυσικών προσώπων που ασκούν τη διοίκηση ή/και είναι νόμιμοι εκπρόσωποί της για οποιοδήποτε κακούργημα και τη μη ύπαρξη εις βάρος τους τελεσίδικης καταδικαστικής απόφασης για το πλημμέλημα της συκοφαντικής δυσφήμησης.
Στο ΣτΕ είχαν προσφύγει Μ.Κ.Ο., υποστηρίζοντας ότι είναι αντισυνταγματική και μη νόμιμη η τήρηση και λειτουργία του Μητρώου Μελών Μη Κυβερνητικών Οργανώσεων και του Μητρώου Ελληνικών και Ξένων Μη Κυβερνητικών Οργανώσεων, που δραστηριοποιούνται σε θέματα διεθνούς προστασίας, μετανάστευσης και κοινωνικής ένταξης εντός της Ελληνικής Επικράτειας.
